zu 1.) An elektrischen Helferlein gab es elektrische Fensterheber vorn wie hinten, elektrisch verstellbare und beheizte Außenspiegel, Sitzheizung für Fahrer und Beifahrer sowie beheizte Wischwaschdüsen. Hier empfiehlt es sich die Augen bei eBay offen zu halten und die Teile jeweils mit Kabelbaum zu kaufen. Die Wischwaschdüsen kosten bei VW neu glaube jeweils 10-15 Euro und dazu musste nur 2 Kabel verlegen, da lohnt der Kauf bei eBay nich unbedingt. Klimaanlage gab es auch im Zweier. Außerdem gab es Innenleuchten mit Ausschaltverzögerung (einfach neue gegen alte Lampe tauschen), Beleuchtung für Handschuhfach und Kofferraum. Ebenso gab es Waschdüsen für die Hauptscheinwerfer, sieht aber optisch nicht so toll aus.
Ansonsten kann man schwarze C-Säulen-Verkleidungen hinten sowie einen schwarzen Himmel verbauen. Vom Passat 32b passen die verchromten Innentüröffner, außer gab es auch einen Teppich für Kofferraumboden und -seiten. Es gibts zudem weiche Armaturenbretter, die verschiedensten Teppiche, Türverkleidungen und Sitzausstattungen (in Farbe und Bauform). Außerdem gab es verschiedene Mittelkonsolen sowie Schalthebel/-manschetten und Handbremshebelverkleidungen in Kunstleder/Leder. Mehr fällt mir spontan nicht ein, aber da gibts noch andere Dinge! Könntest z.B. die Pedalgummis vom Audi TT und anderen VWs verbauen, dazu mal die Suche benutzen!
zu 2.) Bei 3cm gibts es null Probs bei der Eintragung. Da reichen ja schon einfache Tieferlegungsfedern (kosten nicht viel), wobei sich gekürzte Dämpfer dazu sicher empfehlen täten. Ein Gewinde wäre hier fehl am Platze, dass rechtfertigt nicht den Anschaffungspreis.
zu 3.) Ohne Probleme kannste z.B. die Alufelgen fahren, welche VW verbaute. Waren glaube alle 6 und 6,5 x 15 Zoll mit einer 38er ET. Bis 7" ist sicher auch ohne Probs bei der Tieferlegung möglich.
zu 4.) Ja es gibt auch noch andere Endrohre als Doppel-DTM. Kannste z.B. mal bei eBay schauen, was es an Einzelrohren gibt. Schön sind auch "S-Rohre" und die sehen wirklich recht dezent aus. Beim Thema Auspuff gibts durchaus eine riesen Auswahl.
zu 5.) Frag doch mal beim TÜVer in deiner Nähe, ob er dir solch einen Türenumbau eintragen täte. Der ist dabei der beste Ansprechpartner, weil er es dir auch eintragen muss. Aber die Umsetzung selbst wird garantiert nicht einfach!
Zu den Fragen 2 bis 5 kann ich dir leider nicht so umfangreich weiterhelfen, da hab ich noch zu wenig Erfahrungen und Wissen gesammelt. Aber gibts ja noch viele andere User, die dir gern zur Seite stehen. Ansonsten mal die Suche benutzen, wenn du spezielle Fragen hast.
EDIT: Siehste, da war sogar schon einer schneller, daher auch paar Sachen doppelt. Aber is ja nich schlimm.
Gruß Daniel